การเลือกใช้วัตถุดิบสำหรับปุ๋ยอินทรีย์และปุ๋ยอินทรีย์ชีวภาพอาจเป็นปุ๋ยมูลสัตว์และขยะอินทรีย์ต่างๆสูตรการผลิตขั้นพื้นฐานแตกต่างกันไปตามประเภทและวัตถุดิบที่แตกต่างกันวัตถุดิบพื้นฐาน ได้แก่ มูลไก่ มูลเป็ด มูลห่าน มูลสุกร มูลวัวและแกะ ฟางพืช โคลนกรองอุตสาหกรรมน้ำตาล ชานอ้อย กากน้ำตาลบีท เมล็ดพืชกลั่น กากยา กากเฟอร์ฟูรัล เชื้อราตกค้าง ถั่ว เค้ก, เค้กเมล็ดฝ้าย, เค้กเรพซีด, ถ่านหญ้า ฯลฯ